课题组已与美国哈佛大学麻省总医院生物医学工程系，美国佛罗里达生物医学工程系以及精神病学系，美国密歇根大学，美国马里兰大学中西医结合研究中心，香港大学中医药学院建立了长期良好的合作关系，联合开展了实质性研究与博士联合培养计划。

课题组在开展实验方面，已与亚洲最大的神经影像基地北京天坛医院（放射科，核医学科以及神经内科），宣武医院（放射科及神经内科），北京东直门医院（神经 内科与影像科），北京中医医院，广安门中医医院，深圳宝安人民医院等国内著名的影像基地及中西医结合基地建立了稳定广泛的合作关系。

课题组在校内合作方面，已和交大医学院及第一附属医院建立了紧密的合作关系，并联合培养学生。