7.国家自然科学基金重大研究计划培育项目（2025-2027），面向药物设计的图空间可解释生成方法，主持

6. 国家自然科学基金优青项目（2023-2025），生物复杂数据处理的数学理论和方法，主持

5. 国家自然科学基金重点项目（2017-2021），典型疾病的多尺度生物系统动力学及数据分析，参与  

4. 国家自然科学基金面上项目（2015-2018），面向基因组相关性研究的迁移学习理论与方法，主持  

3. 国家自然科学基金面上项目（2014-2017），面向多领域数据的联合流形学习方法及在迁移学习中的应用，参与  

2. 国家自然科学基金重大研究计划（2013-2015），多视野高维复杂数据融合降维方法与理论研究，参与   

1. 国家自然科学基金青年科学基金项目（2012-2014），关于基因组相关性研究中人口结构问题的机器学习方法，主持