肿瘤组织具有高度异质性，细胞类型多样、基因表达杂乱无章，区域界限模糊，传统的空间转录组技术难以全面揭示肿瘤的特性。传统方法通常将采样点视为独立的“房子”，统计每个点的细胞类型和基因表达信息，容易产生误差。为了解决这一难点问题，西安交通大学叶凯教授团队提出以基因表达的空间分布来构建整体计算框架，相关研究成果以“STMiner：以基因为中心的空间转录组学解析肿瘤组织”(STMiner: gene-centric spatial transcriptomics for deciphering tumor tissues)为题，于2025年2月12日发表在《细胞·基因组学》（Cell Genomics）杂志上。

此项工作是西安交通大学信息与生物医学研究中心多学科交叉协作的又一重大成果，该中心立足“四个面向”开展“理-医-工”交叉研究，组建了自动化、计算机、数学、生物、医学等多学科优势相融合的科研团队，打造“测-算-控”全链条研究体系，近年来在《科学》《自然》《自然·方法》《自然·生物技术》《自然·微生物学》等国际顶级期刊发表了一系列重要研究成果。得益于该协作模式，电信学部自动化科学与工程学院Stephen J.Bush教授在组学数据分析方面给予了重要指导；第一附属医院贾鹏博士、王澄瑶博士在算法验证、器官芯片构建方面提供了支持；电信学部计算机学院杨晓飞教授在算法开发方面提供了建议。

　　本论文的第一作者为电信学部自动化学院博士生孙培森，叶凯教授为通讯作者。研究得到了科技部重点研发专项、国家自然科学基金杰出青年基金等项目的支持。

祝贺孙培森！