国家重点研发计划“前沿生物技术专项”，中国人群完整泛基因组图谱构建及智能解析，2025YFC3410300，2025.9 - 2028.8，项目总经费1900万，课题二负责人，课题350万（在研）

国家优秀青年科学基金，基因组信息学，32422019，2025.1-2027.12， 200万，主持（在研）

陕西省杰出青年科学基金，基因组信息学，2024JC-JCQN-28，2024.1-2026.12， 50万，主持（在研）

中央高校基本科研业务费，人群着丝粒序列特征分析方法及应用研究，xzy012024088，2024.1.1 - 2026.12.31，10万，主持，（在研）

国家重点研发计划“前沿生物技术专项”，关键模式生物基因组精细研究及其示范应用，2022YFC3400300，2022.11 - 2027.10，总经费2070万 （个人负责283万），（在研）

国家自然科学基金面上项目：基于图模型的跨物种泛基因组构建及模式挖掘算法研究 No. 62172325, 2022.1~2025.12，61万，主持，（已结题）

中央高校基本科研业务费，基于多组学数据集成的鸦片罂粟全基因组调控网络研究，xzy012020012，2020.1.1 - 2022.12.31, 9万，主持，（已结题）

国家自然科学基金青年项目：基于网络模型的癌症异常DNA甲基化模块挖掘算法研究 No.61702406  2018.1~2020.12   28万   主持（已结题）

国家科技重大专项，乙肝相关肝癌早期免疫诊断关键技术研发和应用， No. 2018ZX10302205, 1400万 (子课题35万)， 2018.10~2021.12, 骨干（已结题）

中国博士后科学基金面上项目：肺癌异常DNA甲基化网络模式挖掘算法研究，2017M623178，5万元   主持（已结题）

陕西省博士后项目资助：基于网络的冠心病异常DNA甲基化模块挖掘算法研究，8万元，主持（已结题）

国家自然科学基金重点项目: 基于网络模型的癌症相关模式挖掘理论与方法 No.61532014   2016.1~2020.12        主要参与人

国家自然科学基金重大研究计划-延续项目:基于非编码RNA调控网络的复杂疾病致病模式发现研究 No.91530113  2016.1~2016.12 主要参与人

国家自然科学基金重大研究计划项目: 复杂疾病恶化过程相关模式发现理论与方法研究  No.91130006   2012.1~2014.12  主要参与人

国家自然科学基金青年项目: 长非编码RNA功能预测网络模型与算法研究    No.61303118  2014.01~ 2016.12          主要参与人

中央高校基本科研业务费: 生物大数据相关模式挖掘理论与关键技术及应用 No. BDZ021404  2014.1~2016.12         主要参与人