（一）主持科研项目
国家自然科学基金-重点专项，300万，2026.01-2028-12
国家自然科学基金-面上项目，49万，2025.01-2028.12
陕西省重点研发计划，100万，2024.09-2027.08
西安交通大学-基础学科建设专项，200万，2024.09-2029.08
陕西省秦创原引用高层次创新创业人才项目，45万元，2022-11至2025-10
西安交通大学医学“基础-临床”融合创新项目（co-PI），20万元，2022-09至2024-08
国家自然科学基金-面上项目，64万，2022-01至2025-12
青年拔尖人才支持计划A类，200万，2021-02至2027-02
（二）参与科研项目
1. Deep Learning the Splicing (Epi)genetic Code. National Institutes of Health (NIH) (2015-2019). (撰写并参与);
2. Integrative approach to studying lncRNA functions. National Institutes of Health (NIH) (2017-2022). (参与);
3. A novel tool package for single-cell RNA sequencing analysis with graph theory and deep networks. National Institutes of Health (NIH) (2018-2022). (撰写并参与);
4. Multiscale resolution and deep network approach for deconvolving different cell types in bulk tumors using single-cell sequencing data (scDEC). National Institutes of Health (NIH) (2019-2023). (撰写并参与);
5. 国家自然科学基金(NSFC)：miRNA-基因双层网络的构建与分析方法研究，（2016-2019），61571163；金额：70万；主要撰写人并署名参与，排名第3位。
6. 国家自然科学基金(NSFC)：功能基因网络的重构与交叠模块识别方法，(2013-2016). NO. 61271346；金额：86万；主要撰写人并署名参与，排名第4位；
7. 国家自然科学基金(NSFC)：蛋白质相互作用和基因功能关联的对称性预测方法研究，(2012-2015). NO. 61172098；金额：62万；主要撰写人并署名参与，排名第5位；
8. 国家自然科学基金(NSFC)：大豆RNA结构与进化分析的信息处理方法研究，(2010-2013). NO. 60932008；金额：190万；参与。