(一)主持科研项目
国家自然科学基金-重点专项,300万,2026.01-2028-12
国家自然科学基金-面上项目,49万,2025.01-2028.12
陕西省重点研发计划,100万,2024.09-2027.08
西安交通大学-基础学科建设专项,200万,2024.09-2029.08
陕西省秦创原引用高层次创新创业人才项目,45万元,2022-11至2025-10
西安交通大学医学“基础-临床”融合创新项目(co-PI),20万元,2022-09至2024-08
国家自然科学基金-面上项目,64万,2022-01至2025-12
青年拔尖人才支持计划A类,200万,2021-02至2027-02
(二)参与科研项目
1. Deep Learning the Splicing (Epi)genetic Code. National Institutes of Health (NIH) (2015-2019). (撰写并参与);
2. Integrative approach to studying lncRNA functions. National Institutes of Health (NIH) (2017-2022). (参与);
3. A novel tool package for single-cell RNA sequencing analysis with graph theory and deep networks. National Institutes of Health (NIH) (2018-2022). (撰写并参与);
4. Multiscale resolution and deep network approach for deconvolving different cell types in bulk tumors using single-cell sequencing data (scDEC). National Institutes of Health (NIH) (2019-2023). (撰写并参与);
5. 国家自然科学基金(NSFC):miRNA-基因双层网络的构建与分析方法研究,(2016-2019),61571163;金额:70万;主要撰写人并署名参与,排名第3位。
6. 国家自然科学基金(NSFC):功能基因网络的重构与交叠模块识别方法,(2013-2016). NO. 61271346;金额:86万;主要撰写人并署名参与,排名第4位;
7. 国家自然科学基金(NSFC):蛋白质相互作用和基因功能关联的对称性预测方法研究,(2012-2015). NO. 61172098;金额:62万;主要撰写人并署名参与,排名第5位;
8. 国家自然科学基金(NSFC):大豆RNA结构与进化分析的信息处理方法研究,(2010-2013). NO. 60932008;金额:190万;参与。
专业学(协)会兼职
国际计算生物学协会(ISCB)中国理事会 理事
美国遗传学会(GSA)会员
美国癌症研究协会(AACR)会员
中国细胞生物学学会(CSCB)终身会员
中国生物工程学会(CSBT)终身会员(青年工作委员会委员、计算生物学与生物信息学专业委员会委员)
中国计算机学会(CCF)专业会员(生物信息学专业委员会委员)
中国人工智能学会(AAI)专业会员(生物信息学与人工生命委员会 常委)
中国生物化学与分子生物学会(CSBMB)专业会员
中国抗癌协会(CACA)专业会员
中国自动化学会 (CAA)专业会员(智能健康与生物信息专委会委员)
中国生物信息学学会(筹)会员(表观遗传信息学专业委员会委员)